O Trem das Missões atraiu centenas de pessoas no primeiro final de semana do passeio turístico. No entanto, o que também acabou chamando a atenção, mas de maneira negativa, foi a grade quantidade de lixo espalhado ao longo da via férrea no perímetro urbano de Ijuí.
Muitos passageiros já questionavam os entulhos e sacos plásticos depositados bem em frente a estação de cultura, justamente defronte ao embarque de passageiros no terminal férreo em Ijuí.

Ao longo do caminho, saindo da estação em direção aos bairros São José, Herval, Getúlio Vargas e Alvorada, por onde passa a linha férrea, a quantidade de lixo era grande.
Sofás, armários, lixo eletrônico, pneus, roupas, latas, fogões, geladeiras e lixo doméstico em grande quantidade chamaram a atenção dos turistas que estavam no trem.
