Um problema crítico vivenciado principalmente em zonas periféricas da cidade e até mesmo em certos pontos do interior, o descarte ilegal de todo o tipo de lixo, fez com que órgãos públicos e privados instalassem placas advertindo sobre a proibição de descarte de lixo principalmente em terrenos.
Em Ijuí a SMMA juntamente com a Smodutran realizam com frequência a limpeza de ruas, córregos e terrenos onde lixos são despejados de forma irregular, vindo a poluir o meio ambiente até mesmo proliferar animais peçonhentos.
Quem for flagrado despejando lixo em locais irregulares está sujeito a punições conforme previstas em lei.
O município recentemente instalou contêineres para depósito de lixo, são 1.074 estruturas em vários pontos da cidade e do interior, afim também de evitar depósitos clandestinos de lixo.